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長江水利委員會向新華社記者獨家提供的有關研究報告指出，目前長江流域水質總體良好，但局部污染嚴重；尤其是近１０年的水質資料對比分析表明，長江水質整體上已呈惡化趨勢。
長江水利委員會副主任熊鐵說，長江污染下游重于上游，支流重于干流，湖泊半數以上已處于不同程度的富營養化狀態。黃浦江、漢江、湘江、嘉陵江、沱江五條支流進入干流的污染物約占所有支流總量的５０％。
全國政協委員、國家環境保護總局原副局長汪紀戎在去年召開的長江論壇上說："長江流域人與自然關系失衡，資源、環境與工業化的矛盾突出。支流水污染問題較突出，工業廢水與生活污水污染仍較嚴重，農業面源污染尚未得到充分重視，船舶污染治理亟待加強，生物多樣性受到破壞，珍稀水生動物瀕臨滅絕，生態問題未得到根本扭轉。"
近年來，長江流域重大污染事件時有發生，其中影響較大的有葛洲壩庫區黃柏河黃磷污染事件、岳陽苯酚沉江事件、萬州航空油泄漏事件、云陽運載硫酸船舶沉江事件、沱江污染事件等。與此同時，長江船舶運輸交通事故引發的環境污染事件也成倍增加。
全國海洋污染基線調查結果顯示，長江口海域無機氮和無機磷全部超標，無機氮含量超過四類水標準一倍多，２００５年嚴重污染的海域面積達１０００平方公里。大量污染物入海，導致近海富營養化嚴重，赤潮頻發。
長江治污牽動眾人心
長江水污染的嚴重狀況引起國家高層和有關部門的關注。
２００５年４月在武漢舉行的首屆長江論壇，吸引了來自國內外的１３０余名政府和有關組織的代表和專家學者，研究探討流域保護與開發的思路與對策。目前，有關部門正在抓緊編制長江中下游水污染防治"十一五"規劃。
三峽庫區及上游水污染防治工作已經從２００１年起全面開展并實施了《三峽庫區及上游水污染防治規劃（２００１——２０１０年）》，規劃項目總投資３９２．２億元。
長江水利委員會在組織大量專家深入調研的基礎上，提出了遏制長江水質惡化的"５５３１工程"。這一工程的主要內容為：加快上海、南京、武漢、重慶、攀枝花五大城市的污水治理；抓好黃浦江、漢江、湘江、嘉陵江、沱江五條支流以及太湖、巢湖、滇池三大湖的治理力度；切實抓緊"白色污染"的防治。
長江流域地區大力進行產業結構調整，關停了一批污染嚴重的企業并投資興建了不少污水和垃圾處理廠。為保護長江水質，重慶去年建設了１７座污水處理廠，重慶所有沿江沿河城鎮都擁有了自己的污水處理設施，重慶生活污水的處理率因此達到了７２％。此外，重慶還搬遷了１１家沒有進行技改的重度污染企業，整治了２７家輕度污染企業。
專家呼吁立法保護長江
記者在采訪中發現，當前一些地方還存在著錯誤的發展觀，為了發展經濟不惜以犧牲環境為代價。任其下去，有可能墮入"邊治理，邊污染"的怪圈。
據此，專家認為，國家應加快完善水污染防治的法律法規，加大環保執法力度，落實地方行政領導環保目標責任制，并嚴格考核。長江水利委員會的專家呼吁，盡快制定《長江流域水資源與水環境保護條例》。
安徽省馬鞍山市市委書記丁海中說："從法律層面上加強對長江的開發與保護，既關系到流域內４億多人民的福祉，更關系到我國經濟社會可持續發展的全局。"
翁立達教授說，除建立必要的法律法規外，還必須走科學治污道路。他說，目前，國家應加強湖泊富營養化防治技術、生態修復及水質改善技術等方面的科研攻關。同時要加強突發性污染事件應急系統的科技攻關，盡快建立突發性污染事件應急管理系統。